Kolegij direktora rukovodi Institutom. Čine ga tri člana, koje imenuje i razrješava Upravni odbor na osnovu javnog konkursa i stručnih kvalifikacija te relevantnog radnog iskustva. Mandat članova Kolegija direktora traje četiri godine. Članovi Kolegija direktora rotiraju se na poziciji predsjedavajućeg Kolegija direktora svakih osam mjeseci, a svoje odluke donose konsenzusom.

Način rada i odlučivanja, donošenje odluka, pravila postupanja, kao i druga pitanja značajna za rad i održavanje sjednica Kolegija direktora, bliže se uređeni Poslovnikom o radu Kolegija direktora Instituta za nestale osobe Bosne i Hercegovine.

Kolegij direktora vrši sljedeće poslove:

• rukovodi Institutom;
• organizira rad Instituta;
• predstavlja i zastupa Institut;
• odgovara za zakonitost rada i izvršavanje odluka Upravnog odbora;
• dostavlja materijale, potrebne stručne i druge informacije za raspravljanje i odlučivanje, te priprema prijedloge odluka, zaključaka i drugih općih i pojedinačnih akata za sjednice Upravnog odbora i Nadzornog odbora;
• provodi odluke, zaključke, i druge akte Upravnog odbora i Nadzornog odbora vezane za djelatnost Instituta;
• donosi poslovne odluke, rješenja i druge akte o poslovanju Instituta;
• obavlja i druge poslove iz svoje nadležnosti.

Članovi Kolegija direktora